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創源生技- IPA生物路徑分析軟體 秋季重大更新釋出!

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QIAGEN IPA Fall Release (Oct. 2020秋季更新)

QIAGEN IPA 路徑分析軟體在本季度釋出重大更新,提供全新使用介面以及更多新增功能,詳細更新內容請參閱下方資訊:(若尚未有IPA軟體使用帳號,也歡迎與生圖申請)

 

 QIAGEN IPA 釋出全新的介面! QIAGEN IPA has an all new look! 

IPA此次更新除了提供新版介面外,登入畫面也設置新的Quick Start,整理了IPA關鍵的功能、常見問題及短片來協助大家快速瀏覽並上手IPA。

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圖一、 IPA全新介面。大部分的功能及位置與前幾版相同,但更新了現代化的外觀。需要注意Mac系統使用者,開啟按鈕的圖示更換為⌘-A,因此建議所有用戶去原廠官網下載最新版本的IPA,並更新至Java8以上,以獲取正常及最佳的使用者體驗。

Client下載連結: https://analysis.ingenuity.com/pa/installer/select.

 

圖形分析摘要 Graphical Summary!!!

IPA此次新增一種核心分析結果(Core Analysis)的新方法,稱為“圖形總結”。其目的為提供IPA核心分析中主要生物學主題(biological themes)的快速概述,以及說明這些概念如何相互聯繫。此功能選擇並連接分析中預測的最重要的分子,從而創建了連貫且可理解的分析。圖形分析摘要包括了生物路徑(canonical pathways)、上游調控因子( upstream regulators)及生物疾病功能( diseases and biological functions)。此演算法使用機器學習技術來確認優先順序,並連接某些情況下尚未與QIAGEN知識庫建立關聯性的分子或路徑關係。

 

圖形分析摘要功能顯示在Core Analysis中“Summary”選項右側的新選項中,如下圖所示。以下範例呈現了一個Graphical Summary結果,該結果來自探討對侵襲性緊密連接蛋白低表達型( claudin-low)乳腺癌細胞與侵襲性較低的管腔A型(luminal A)乳腺癌細胞進行對比(ratio)後的表現分析。 這些claudin-low細胞中可通過活化如ZEB1,SNAI1和SNAI2之類的特定轉錄因子而激活了上皮-間質轉化(EMT),並使其具有組織侵襲性現象。IPA則將當中關聯性整合如下圖:

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圖二、 新的圖形分析摘要是一個小型網路圖,用於彙整核心分析的主要結果。 此功能演算法使用多種方法(包括機器學習)來選擇和連接排名前面的預測實體。 首次分析時,將花費較多的時間在數據及圖形的呈現,因為IPA需要將數據集生成及保存新的圖形摘要。

 

*更多有關此功能的詳細資訊,也可透過下方連結至原廠Help進行研讀。

https://qiagen.secure.force.com/KnowledgeBase/articles/Basic_Technical_Q_A/Graphical-Summary

 

新增個人化註解在我的路經中

Now add “sticky” notes directly on a My Pathway

此版本使您可以在Pathway或Network添加任意數量的標籤,以幫助您保留感興趣的想法或細節。可以將這些註釋添加到Pathway或Network中,然後另存為“My Pathway”。該工具有助於與他人共享自定義途徑的組成部分。

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圖三、 通過將自己的註釋添加到路徑和網絡來更有效地進行交流。 為自己做筆記或與他人分享。 您可以將註釋附加到分子、關係,或提供有關路徑的訊息。

 

Other improvements to IPA

  •    分子活性預測(Molecule Activity Predictor (MAP))現在在任何一次的分析(活化/抑制)過後,都可以保存在My Pathway中,       過往只能保存實驗分析、資料集或是Data Overlay在My Pathway中,此次的修正將能節省大家的時間及精力。
  •    通過剪貼網路或網路片段來簡化自定義路徑的創建,而不會遺失其相對分子(Node)的位置。
  • “Chem Search”上的CAS連結現在已可以使用且呈現活動狀態,並可以訪問NIH提供的ChemIDplus網站

             (https://chem.nlm.nih.gov/)。

  •    全新短片更新於核心分析及我的路徑 New short videos in Core Analysis tabs and My Pathways  

              在Core analysis當中,可以找到新的短片。於下圖右側視頻播放按鈕圖標

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Content updates 2020 Q3 最新更新Pathway及資料庫數據如下:

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並新增OmicSoft資料庫內容如下:

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表一、 OmicSoft資料庫更新統計(Analysis Match & Activity Plot) 超過7,700全新分析數據、4條生物路徑、425,000新增文獻資料。

 

 

 

若有需要進一步的資訊或在使用軟體上遇到問題歡迎聯繫以下窗口:

蔡宜庭 業務主任 ClairTsai@GGA.ASIA 02-2795 1777 #3012

洪慈懋 產品專員    LeoHung@GGA.ASIA    02-2795 1777 #3014

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