分子數位產品資訊

QIAGEN OmicSoft

OmicSoft Array StudioQIAGEN(凱傑生物科技股份有限公司)旗下生物資訊產品。不僅為次世代定序或基因晶片等高通量資料之整合平台,更提供後端資訊意義分析平台串接,讓您在OmicSoft分析平台中,自初始資訊至結果闡釋,皆在同一分析介面完成。Array Studio既可以在電腦端以及伺服器端、甚至在雲端皆可分析資料,並提供MicroarrayCNVSNVNGS等資料的儲存與搜尋功能,此外內建資料庫稱Land,彙整疾病、遺傳、細胞株等開放性及私人的資料集,如TCGACCLELINCSGSKCGCI等超過15萬筆的資料,不僅能直接進行下載或瀏覽,也能在系統上針對這些資料進行分析,同時能夠做到彼此資料集的比較,甚至是使用者端的資料與Land上資料的進行比對。

Array Studio提供有善的圖型化介面,涵蓋40種以上的可互動式視覺化方式,以及客製化的圖表功能。內部建置超過50種以上的分析模組給生物學或分析學家使用,而對於工程人員,結合R語言或OmicSoft內建語法來達到資料自動化形式。此外提供資料分類模組如SVMKNN等分類器、LASSO或類神經網路演算法等線性迴歸方式,讓使用者能對資料作模擬驗證。

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在功能上,Array Studio也提供有效率的資料管理模式,以及次世代資料處理、資料品質管控、生物路徑分析與基因註解分析等。

四大特色:

1.          Land:

彙整來自疾病、遺傳、細胞株等開放性及私人的三大資料集,如TCGA、CCLE、LINCS、GSK、CGCI等超過15萬筆的資料,提供下載、瀏覽與分析,甚至能進行資料集之間的比對以及和資料的驗證。三大資料集分別為:

A.          -OncoLand

(1).    與癌症的生物相關資料集的資料庫,如TCGA、CCLE、LINC等

(2).    癌症部份有大略癌症資訊、特別癌症與正常組織的資料集,以下舉幾個例子:

                                   i.             癌症:Pan-cancer: TCGA、GENIE、ICGC、CCLE、TumorMutation

                                  ii.             專屬癌症:如METABRIC(乳癌)、Blueprint(血癌)、Pediatric(小兒癌症)等

                                iii.             正常組織(非癌症):GTEx、HPA,可提供為對照組使用。

(3).    資料內容眾多,如表現、甲基化、變異、蛋白質各種資訊

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B.          DiseaseLand

(1).    含蓋疾病表現的資料庫,如SRA、GEO等

(2).    單細胞生物表現資料集

(3).    資料內容多來自次世代定序與基因晶片的基因表現資料

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C.          GeneticsLand

(1).    與遺傳變異有關的資料集,如1000 Genome、TCGA等

(2).    也有從各種資料集的變異資料與資料屬性所計算出來的變異相關性資料集,適用於Genome-wide SNP的分析

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2.          Analysis:

多樣資料分析演算法與模組,包含NGS資料拼裝處理、DNA-Seq、RNA-Seq、CNV、miRNA-Seq、microarray等分析流程,以及GWAS分析、microarray資料整合分析等。

3.          Server:

伺服器連線進行資料運用與分析處理功能。工作站能與使用者端或Land遠端資料庫進行資料連動,讓使用者有更多資料運用的體驗。

4.          Browser:

提供各種資料在基因體層級下的瀏覽與比對,以及產生出多種形式的資料視覺化。