QIAGEN IPA Autumn Release (Sep. 2021秋季更新)
QIAGEN IPA Autumn Release (Sep. 2021秋季更新)
QIAGEN IPA 路徑分析軟體本季度釋出更新內容如下，大幅的優化生物路徑的功能搜尋，詳細更新內容請參閱下方資訊：（若尚未有IPA軟體使用帳號，也歡迎向各單位負責人申請）
1. Improve the presentation of Canonical Pathway bar chart results
提供了多種新方法讓使用者自定義條狀圖，讓您更容易於資料解釋及圖示發表。
- 自定義條狀圖可透過篩選特定基因(限制或過濾)。只需點擊自定義圖表按鈕並輸入感興趣的基因，即可將分析出來的生物路徑，限制為包含該基因名稱的路徑。或者，過濾掉包含特定基因的所有相關通路。需要注意的是，您用於過濾的基因必須與你的數據集中有重疊。
圖 1：對乳腺癌數據集的生物路徑頁面，進行過濾顯示僅包含ETS1基因的路徑。
- 預設模式是以p-vlaue對路徑進行排序，以下可透過 z -score進行排序來分析有興趣的生物路徑。下面的圖表已按 z-score 排序，由於圖表的 y 軸刻度保持為 -log(p-value)，條形高度與其右尾 Fisher 精確檢驗顯著性成正比。
圖 2：排列未骰選特定基因的乳腺癌之生物路徑條狀圖，已最高正 z 值（預測活化）的路徑位於最左側。
- 自定義圖表中的字體大小以進行資料的發布和呈現。可以增加條狀圖中使用的字體大小（將下圖與上圖進行比較）。
圖 3：對上圖進行了修改，增加了路徑名稱和y軸標籤的字體大小。
2. QIAGEN IPA now includes over 100K analyses to help your research
基本生物路徑分析有多種限制，可能會使得研究進展減緩並阻礙研究者從生物數據中獲得好的註解，其中一種限制為您的實驗數據無法快速的與公共(公開)數據進行比較和分析。這種分析方法可以幫助您更好地了解發病機制、疾病和生化過程，以找到關鍵目標蛋白或生物標誌物，並幫助重申您的結果。分析您的數據集與其他類似數據集，並透過註記資料做比較，為您的假設和結論提供了文獻和證據，能讓您的數據在其他研究領域，建立起意想不到的聯繫。
來自 QIAGEN Ingenuity Pathway Analysis (IPA) 的 Analysis Match 功能，主要應用於將生物數據與來自 GEO、ArrayExpress、SRA、TCGA 和更多來源的公共數據進行比較，您可以更快、更準確地去加強您的實驗數據集假設和發現新的生物學見解。 Analysis Match可以自動但別與您的結果具有顯著異同的數據集，使您能夠快速地比較結果、驗證解釋及了解疾病、基因和上游調控網絡之間的因果關係。
- Analysis Match 現在有超過十萬個分析可用！
Analysis Match 現在讓您從超過 100,000 個精選且公開的數據集以及您自己的先前實驗數據立即掃描您的分析，透過將來自文獻的大量知識與大量基因表達測量相結合，加強假設並發現新的生物學見解。 Analysis Match 於四年前首次推出了 6,000 多個數據集，如今已迅速擴展到 100,000 多個，涵蓋的研究領域多元，也包括大量代表人類和小鼠的單細胞資料集。
很多人可能很想自己管理數據集，但這個數據集前後蒐集了各研究單位使用 RNA-seq 和微陣列分析的 460,000 多個樣本，需要超過 30 年、數百位博士級專家和 100 多個 CPU 才能創建。IPA不但蒐集了完整的數據集，可用於比較客觀的數據收集，也可以意外的為您的研究提供數據匹配甚至“反匹配”，更重要的是，IPA 提供了查看這種大量數據收集的其他應用方式。例如，能夠回答諸如“在什麼條件下冠狀病毒發病機制被抑制？”之類的問題。
- 2021 Q3 更新Pathway及資料庫數據如下
新增六條生物路徑- Neurovascular Coupling Signaling Pathway
- Oxytocin Signaling Pathway
- Pulmonary Fibrosis Idiopathic Signaling Pathway
- Pulmonary Healing Signaling Pathway
- Pyroptosis Signaling Pathway
- Wound Healing Signaling Pathway
並新增OmicSoft資料庫內容如下:
表一、 OmicSoft資料庫更新統計(Analysis Match & Activity Plot)。
Reference.
1. QIAGEN IPA Analysis Match now includes over 100,000 analyses to help advance your research
2. Latest improvements for IPA
