QIAGEN IPA Winter Release (Dec. 2021冬季更新)

QIAGEN IPA 路徑分析軟體本季度釋出更新內容如下，新增疾病預測網路資料庫及資料註解的方便性，
詳細更新內容請參閱下方資訊：（若尚未有IPA軟體使用帳號，也歡迎向各單位負責人申請）

1. Explore previews of disease and phenotype networks ( Ingenuity Inferred Networks)

收錄超過 1500 個新的網絡，這些網絡整合了相關表型的關鍵分子與單一疾病的影響。透過QIAGEN 知識庫的大數據及應用機器學習方法於創建疾病、表型和功能網絡。雖然每個網絡中的許多基因都是特定疾病的已知參與者，但一些基因被推斷出(inferred)會影響疾病，並且可能代表疾病或其病因的創新參與者。

圖 1：2021 年 12 月 IPA 新版本中預覽的疾病和表型網絡圖。

透過機器學習技術和其他啟發式方法，針對影響”乾癬(psoriasis)”的關鍵基因進行優先排序，並將該疾病與潛在表型連結起來。各分子節點已被著色作為網絡中的預測活動，其中紅色和綠色節點分別為疾病活化狀態下表現增加或減少。
*使用 PathTracer 的邊緣功能淡化網絡中的關係線，可更容易看到分子和其他節點(Fig 5)。

在圖 1 所示的乾癬網絡中，預測 TANK 基因在疾病狀態下會被激活，但此時並未直接與知識庫中的乾癬或其表型相關聯，如下圖 2 所示。但有趣的是，文獻已發現 TANK 與乾癬的關聯性，最近一篇論文的作者指出，“ubiquitination events involving UBAC1 and TANK should be considered within the molecular mechanisms that modulate the physiological function of CARMA2sh and of its psoriasis-linked mutants. Future work will further address this aspect."(Mazzone, P. et al. 2020).

圖 2：應用了 PathTracer 的”乾癬”網絡，顯示 TANK 與其他基因相關，但與乾癬或其他表型無關。

這些網絡為實驗性質的，並不代表每個相關基因對特定疾病都能全面性的分類。但是，網絡的建構並可視化，使人類可辨讀出何者為最重要的基因，而這些基因、疾病和表型，彼此之間都有因果關係，且具有相似的調控模式，並暗示它們在疾病中具有潛在的重要性。請注意，網絡中的所有關係性都是來自於QIAGEN知識庫的文獻資料。

這些網絡完全以自動化方式構建，沒有使用任何表現數據集進行推斷。網絡中的紅色和綠色來自預測，而不是表達數據。IPA如何創建疾病和表行網路的方法可參考: 連結>>

圖 3：項目管理器中預覽疾病和表型網絡的位置。可以在 IPA - Project Manager - Libraries中的“Disease and Phenotype Networks”，按英文字母順序瀏覽各網絡，如圖 3 所示。雙擊圖標可查看感興趣的網絡。

目前，這些網絡無法在 IPA 中透過欄位搜尋，也無法在分析中評分。但是，您可以透過：

打開網絡後，疊加(overlay)您自己的分析或數據集；
將它們儲存到您自己的文件夾中，並在您自己的分析中批准它們用於 p 值分析；
單擊模式搜索，以探索 OmicSoft 分析是否具有匹配或反匹配特定網絡的表達模式。

對於相關網絡列表並查找其上的基因和功能有興趣之用戶，可參閱此 Excel 電子表格。連結>>

2. Improvements to enhance interpretation in IPA

更新新版IPA之用戶，使用 IPA 窗口頂部的連結，即可輕鬆訪問 IPA Land Explorer。圖 4 顯示了“QIAGEN Land Explorer”連結以及在您的瀏覽器中啟動的 Land Explorer Sample Browser 。

圖 4：網頁連結到 QIAGEN Land Explorer。

請注意，具有 IPA 許可證的用戶都可以啟動此瀏覽器視圖，但需要 IPA Analysis Match Explore許可證才能進一步深入到 Land Explorer。
如果您想詢問如何升級到包含 QIAGEN OmicSoft Land Explorer 的許可證，請聯繫創源生技分子數位中心 02-2795 1777。