QIAGEN ® Ingenuity Pathway Analysis 2023 冬季更新
全新火山圖表，讓分析更輕鬆精準設定
在進行核心分析設定時，現已提供全新的火山圖表，使您更輕鬆地視覺化數據集並設定更精確的分析截點。該功能讓您能夠以分子名稱標記感興趣的分子，並將圖表匯出，以在出版物和演示中展示您的差異表達數據的幅度和重要性。
圖1 核心分析中設定可以產出火山圖：該數據集中的綠色點表示低度表現基因，紅色點表示高度表現基因。灰色點為未通過數值截點或/且生物篩選器的基因。
為了使圖表有呈現的空間，核心分析設定視窗已分為兩個分頁。數值截點和圖表位於預設的主要截點分頁(Set Cutoffs) 上，而您之前使用過的其他篩選器和設定已移至名為生物篩選器(Biological Filters)的第二個分頁。
在網路和路徑上利用便利的節點摘要更高效率工作！
透過全新的節點摘要面板，您可以迅速且輕鬆地查看網路或路徑上感興趣節點的摘要詳細資訊。對於感興趣的節點，雙擊後打開側邊面板。該面板是在2023年10月釋出的關係摘要面板的補充。圖2展示了Bardet-Biedl綜合症訊號路徑（BBSome Signaling Pathway），點選INSR後，側邊欄將展示該基因的Entrez Gene資訊、基因別名、蛋白結構域、基因所在的訊號路徑等詳細資訊。
圖2 右邊平台顯示新的節點摘要：左邊平台顯示路經與網路，點擊任何節點可獲得重要詳細資訊.
圖3. 側邊面板中的標準路徑連結：當您在右側邊欄中看到基因所在的某個通路時，您可以直接點選該路徑，將會在新的視窗或選項中打開相應的路徑，並在其中以有顏色亮點標示感興趣的節點，即使該節點位於一個組或複合物中，並且在路徑圖上沒有明確命名。
若您點擊路徑中嵌入的路徑節點（圖4），該面板將顯示一個名為互動網路(Interaction Network)的新連結。點擊此連結將打開一個新的'互動網路'視窗，並顯示與該路徑(圖為PI3K/AKT訊號路徑)相連的所有分子成員（顯示為中央節點）。
圖4. 側邊面板中標準路徑節點的互動網路連結：該路徑的所有分子成員（包括屬於組或複合物的分子）都將在新的互動網路視窗中打開，並連接到中央的路徑節點。
探索miRNA數據集的上游調控因子和因果網路
IPA 現在可以預測成熟microRNA表達資料集的上游調節因子與因果網路的活化或抑制。如圖5 顯示AGO2作為被活化的上游調控因子，上調miR-7-5p、miR-130a-3p、miR-17-5p等microRNA的表達。
圖5 成熟miRNA資料的上游調控因子：這個例子為AGO2作為被活化的上游調控因子，詳情請見下圖。
圖6. 預測AGO2將被活化：數據集中與AGO2相關的miRNA目標與其相連，並排列在其周圍。正如圖例中所示，除了一個以黃線標示的miRNA目標外，其他目標的差異表達方向與AGO2的活化一致。
記住選擇的資料夾，提高工作效率
現在，在Ingenuity Pathway Analysis（IPA®）中，當您選擇保存、複製、上傳、移動或匯出任何專案文件夾，或是電腦中的任何文件夾時，您的選擇將在IPA會話期間保持。在該會話中下一次進行匯出、複製等操作時，系統將記住該位置，您無需再次導航或重新選擇。
更新分析匹配資料集元數據
針對即將在此版本中進行更新的Lands（HumanDisease、MouseDisease和-OncoHuman，預計於2024年1月發布），您可以輕鬆追蹤OmicSoft為IPA版本新增的分析。我們為這些Lands的所有OmicSoft數據集新增了一個名為“oslandeddate”（簡稱“OmicSoft登陸日期”）的新元數據屬性。這一屬性中的數值表示數據集經由OmicSoft進行整理和發布的時間。最新的登陸日期被標記為2023R3，將於2024年1月顯示在IPA中。在2024年3月/4月的IPA版本中，我們將為所有Lands的比較更新此日期。
Content updates 內容更新
8個全新信號路徑
- BBSome Signaling Pathway
- Folate Signaling Pathway
- HEY1 Signaling Pathway
- IL-27 Signaling Pathway
- Sleep NREM Signaling Pathway 非快速動眼期(NREM)睡眠訊號路徑
- Sleep REM Signaling Pathway 快速動眼期(REM)睡眠訊號路徑
- UFMylation Signaling Pathway
- WNT/SHH Axonal Guidance Signaling Pathway
2個現有的路徑已更新，包含活動模式
- Eicosanoid Signaling Pathway 類二十烷酸訊號路徑
- Gap Junction Signaling Pathway 間隙連接訊號路徑