QIAGEN ® Ingenuity Pathway Analysis 2024春季更新
在比較分析熱圖中按名稱搜尋並篩選標準路徑
透過搜尋路徑名稱中的單詞，快速選擇標準路徑(canonical pathway)的子集，並且用熱圖顯示。這使您能夠創建完美的熱圖，用於匯出圖像以進行演示及科學文章發表。
圖 1. 在比較分析中按路徑名稱搜尋和篩選。只需輸入路徑名稱中的單字即可將熱圖聚焦在感興趣的路徑上。
內容更新
標準路徑更新
新獨創性訊息傳遞路徑
- 粘連蛋白染色質調控途徑 (Cohesin Chromatin Regulation Pathway)
- 血腫消解訊息傳遞路徑 (Hematoma Resolution Signaling Pathway)
- 組蛋白修飾訊息傳遞路徑 (Histone Modification Signaling Pathway)
- 核細胞骨架訊息傳遞路徑 (Nuclear Cytoskeleton Signaling Pathway)
加入活性模式的訊息傳遞路徑，並且更新內容
- 西地那非的細胞作用 (Cellular Effects of Sildenafil)
- Ephrin A 訊息傳遞路徑 (Ephrin A Signaling Pathway)
- 遺傳性乳癌訊息傳遞路徑 (Hereditary Breast Cancer Signaling Pathway)
- 帕金森氏訊息傳遞路徑 (Parkinson’s Signaling Pathway)
圖2. 新的標準通路示例。本圖展示了血腫消解訊息傳遞路徑。通路節點被著色以指示其預期的活性，若路徑被激活，紅色表示活化，綠色表示抑制。例如PPARγ為紅色，表示在血腫消解的情況下，該蛋白質預期會被活化（根據相關文獻）。相反，CD47（綠色）是路徑的抑制因子，因此若路徑被激活，CD47本身應該被抑制。
文獻探索更新
約 20 萬個新發現，總數超過 1,330 萬個
- 大於79,000項專家發現（來自文獻整理）
- BioGrid中大於20,900個蛋白質-蛋白質相互作用
- 發現 ClinVar 中大於81,000個癌症突變發現
- 來自 COSMIC超過15,300個基因與疾病的發現
- 來自IntAct超過450個蛋白質-蛋白質交互作用發現
- 來自 ClinicalTrials.gov超過1,700 項藥物與疾病的研究結果
- 來自 ClinicalTrials.gov超過700個針對疾病的目標發現
- 來自人類線上遺傳(OMIM)超過600個的基因與疾病研究結果
- 來自臨床基因組資源(ClinGen)大於230個的發現
- 來自基因本體研究(Gene -ontology)大於700個結果
- 新增50 種可映射的化學物質
分析配對：54,489新資料集，總計 204,146 個資料集
該數據集和分析將於 2024 年 4 月下旬出現在 IPA 中。
本次更新中的LINCS數據集和分析將取代現有的LINCS數據集及其分析。LINCS（Integrated Network-Based Cellular Signatures Library）代表對細胞對擾動劑作出反應的轉錄表達數據的集合。該集合包括使用Broad Institute的L1000試驗，收集處理有生物活性小分子和基因擾動的人類培養細胞系。
我們原始的“fold change”LINCS數據取代成重複組合的Z分數（第5級）。在IPA中的新數據集是從OmicSoft提供的全部數據中合理選擇的一組，共29,976個比較。目標是從具有相對強烈轉錄反應的數據中選擇具有代表性但重複性較低的數據集。轉錄活性的度量表示為“TAS”或“轉錄活性得分”。
具體來說，包含至少一個最大TAS超過0.2的擾動劑。選擇具有最大TAS的比較（數據集）。如果有TAS > 0.33的比較，則包含每個獨特的藥物×細胞系×劑量組合，最多每個擾動劑限制為20個比較。
更新分析匹配資料集元數據
現在，您可以快速找到 OmicSoft 的哪些分析是 IPA 版本的新增內容。一個名為「OSLandedDate」（「OmicSoft Landed Date」的縮寫）的元資料欄位已新增至 IPA 中的所有 OmicSoft 資料集中。
此欄位中的值指示 OmicSoft 整理和發布資料集的時間。例如，最近的「落地日期」之一被稱為2023R4。如同先前的模式，所有 OmicSoft 分析每個季度都會重新運行，因此日期大致指的是它們首次出現在 IPA 中的時間，而不是上次分析的時間
刪除一些過於寬泛的功能
許多廣泛定義的功能始終被排除在核心分析中進行評分之外，但仍出現在其他情況下的 IPA 中，如”生長(growing)”出現在網路中。舉例來說，IPA 包含一個稱為”細胞階段(Cell Stage)”的功能，可以透過”有絲分裂(Mitosis)”等更具體的子功能來更好地描述該功能。此類函數通常過於寬泛而無用（這就是它們被排除在分析之外的原因），當出現在 IPA 的某些領域但不出現在分析中時，可能會導致混亂。這些過於廣泛的功能現已從 IPA繪製我的路徑(my pathway)中的成長(grow)和連接(connect)以及其他”graph”操作中刪除。