QIAGEN Digital Insights 正式啟用 「超高速癌症體細胞次世代定序分析」
重點資訊
- 新發佈之光速模組(LightSpeed)，顯著的降低了癌症體細胞透過次世代定序，進行次級分析所需的時間與成本：分析275個基因且測序深度為3377x之癌症檢測平台，一個樣本僅費時6分鐘，且平均成本僅需 NT$22.3（US$0.72）。
- 同步可應用於具市場領導地位的CLC 基因體分析平臺(CLC Genomics Workbench)之桌機版、伺服器版以及雲端版。
- 隨著癌症檢測市場往全面的基因檢測發展趨勢下，該模組進一步強化了QIAGEN Digital Insights在次世代定序分析與資料解讀之解決方案的主導地位
QIAGEN的生物資訊事業體，QIAGEN Digital Insights（QDI），於2024年1月30日發佈用於NGS次級分析的光速模組（LightSpeed module），正式跨足至分析癌症體細胞（somatic cancer）領域，拓展了QIAGEN CLC Genomics Workbench Premiun的應用層面。LightSpeed以前所未見的程度將分析成本與時間高度壓縮，加速了從FASTQ-to-VCF的流程－亦即，將儲存原始定序資料（raw sequencing data）的FASTQ檔，轉換成羅列基因變異位點（genetic variant）資訊的VCF檔。
QIAGEN的LightSpeed為使用高通量次世代定序（high-throughput NGS）於癌症體細胞領域的研究人員及臨床實驗室，帶來劇烈的改變－將可以更快、更精準、節能與低成本的完成次級分析工作。於常規的雲端環境，LightSpeed僅需費時6分鐘，即可完成測序深度為3,377x測定275個基因的癌症檢測平台，且檢測成本為NT$22.3 (US$0.72)/per test。而軟體計算以CPU為主的特性，也使得實驗室使用者在同樣的硬體等級終端設備下，更有效率的在使用端完成分析工作。
QIAGEN Digital Insights資深副執行長Jonathon Sheldon博士指出：「光速模組應用於癌症體細胞的技術讓QDI得以持續維持次世代定序分析與資料解讀之解決方案提供者的市場領導地位，尤其是在市場正高度導向對基因體做全面的癌症基因檢測。」「無論實驗室規模的大小，這新的分析技術將可明顯的降低完成單次癌症檢測分析所需的時間與成本。」「我們能越短時間內偵測出對癌症有貢獻的基因變異，就能越快的制定並實施合適的照護與治療方案。」
2023年，QIAGEN甫發布掛載於QIAGEN CLC Genomics Workbench Premium的LightSpeed可應用於生殖細胞（germline）領域，包含全基因體定序（whole genome sequencing, WGS）、全外顯子定序（whole exome sequencing, WES）以及大型panel的定序（large panel sequencing）等資料。同樣於常規的雲端環境，分析平均定序深度為34x的全基因體，LightSpeed僅需耗費25分鐘即可完成FASTQ-to-VCF的分析流程；50x的全外顯子定序也僅需90秒。而成本方面，使用LightSpeed進行WGS分析，可將花費降至約NT$30 (US$ 1) / genome，WES甚至可低於NT$10 (幾分美元) / genome。
德國雷根斯堡大學（University of Regensburg）生物資訊學家，Christoph Meier說道：「搭載LightSpeed的CLC Genomics Workbench現在已成為我們實驗室用於診斷panel及外顯子分析不可或缺的工具軟體」「LightSpeed讓我們有高度的彈性串連各功能建置分析流程或修改既定的工作流程，以因應研究需求快速調整。」「LightSpeed也讓我們團隊成員不用很高深的程式語言知識與能力就能處理資料，並解讀自己分析出來的結果。」「面對巨量的資料，LightSpeed也能迅速的處理完成並產出精確的結果」
對臨床的實驗室而言，能整合不同panel及定序平台的FASTQ來產製臨床報告的軟體，是省時、省工且可以將流程標準化的解決方案。QDI軟體授權的設計讓實驗室可以同時進行不同生殖細胞與體細胞panel的分析，並且LightSpeed模組，可藉由串接QCI Interpret，更能達到無痛串連FASTQ-to-VCF-to-Clinical Report的流程，讓NGS精準醫療能以一站式的解決方案快速達成。
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