QIAGEN OmicSoft Lands的2025R1版本
重點整理
- 可以透過OmicSoft Explorer探索並優先篩選精心整理的資料集
- RNA-seq數據與詮釋資料(metadata)對應表格已更新並精進
- 新增NCI PDMR（美國國家癌症研究所患者來源模型資料庫）中患者來源異種移植(patient-derived xenograft)資料
一般性更新
使用OmicSoft Explorer於網頁介面探索與瀏覽OmicSoft資料集
OmicSoft Explorer是一款簡單易用的網頁介面，幫助生物學家快速地從OmicSoft Lands資料庫中探索精心整理的疾病相關的重要資料集。凡是使用OmicSoft Lands或IPA Analysis Match Explorer的用戶皆可使用此功能。
- 自數百個精心整理的詮釋資料(metadata)欄位中找尋研究專案
- 檢視任何您感興趣的研究專案的詳細內容，包括對於專案的描述、關鍵詮釋資料，以及可用的比較實驗結果
- 從已建構的比較實驗結果中找出關鍵差異表達基因
- 探索在哪些實驗中，您所關注的基因有表現量上升或下降表現
- 可以使用IPA Interpret網頁應用程式，深入探索實驗資料（需具備IPA授權）
歡迎觀看影片了解更多
Land架構與技術文件的更新
此版本已對my.qiagendigitalinsights.com和OmicSoft Lands API中可下載的檔案中的架構進行了幾項更新。
- 將RNA-seq定量表格的命名規範更新以確保表格間的一致性，並且在適用情況下，新增TPM表達值。
- 提供疾病狀態、組織及細胞類型的深度階層式結構(deep hierarchies)和同義詞對照。
DiseaseLand
HumanDisease資料庫
Figure 1. HumanDisease資料庫中的新增樣本，依照疾病類別分組並根據組織類別標色。
此版本新增了來自69個資料集中的4390個樣本以及412個比對結果，包括以下方面的研究：
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疾病 |
資料集 |
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慢性阻塞性肺病(Chronic Obstructive Pulmonary Disease) |
GSE11906; GSE13933; GSE19407; GSE19667; GSE5058 |
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糖尿病腎病變(Diabetic Nephropathy) |
GSE182138; GSE199838 |
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子宮內膜異位症(Endometriosis) |
GSE135485; GSE73622 |
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表皮溶解水皰症(Epidermolysis Bullosa) |
GSE179508; GSE28315; GSE239569; GSE254347; GSE51056; GSE63101 |
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移植物抗宿主疾病(Graft-Versus-Host Disease, GVHD) |
GSE214625; ERP109247 |
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腎臟病(Kidney Disease) |
GSE142077; GSE173693; GSE183510; GSE74452; GSE242476; GSE231591; GSE155325; GSE119426; GSE137570; GSE151321; GSE180393; GSE194056; GSE199080; GSE203181; GSE210692; GSE212681; GSE221506; GSE233264; GSE237847; GSE248734; GSE263024; GSE271143; GSE34259; GSE62792; GSE98603; GSE182541; GSE180394; GSE161737; GSE62928 |
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肝臟病(Liver Disease) |
GSE158182; GSE239422 |
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掌腱膜攣縮症(Palmar Fibromatosis) |
GSE269317; GSE31356; GSE41524; GSE169477; GSE75152 |
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其他資料集 |
ERP126899; ERP136919; ERP162928; GSE10135; GSE11906; GSE125498; GSE135485; GSE13933; GSE142077; GSE146867; GSE153960; GSE158182; GSE160332; GSE171848; GSE175735; GSE177044; GSE178388; GSE179508; GSE182138; GSE18385; GSE193487; GSE19407; GSE19667; GSE214625; GSE21545; GSE269317; GSE5058; GSE63127 |
刪除或重新整理的資料集或比對結果
GSE34818超級資料集(superseries)已被GSE34815取代。
作為標準審查流程的一部分，對已收錄於HumanDisease的專案中的比對結果與詮釋資料 (metadata)進行重新檢視。本次更新中有重新檢視其內容的資料，可以透過篩選 OSModifiedDate欄位為“2025R1”的方式取得。
MouseDisease資料庫
Figure 2. MouseDisease資料庫中的新增樣本，依照疾病類別分組並根據組織類別標色。
此版本新增了來自26個資料集中的1738個樣本以及571個比對結果，包括以下方面的研究：
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疾病 |
資料集 |
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心血管疾病(Cardiovascular Disease) |
GSE98790; GSE163276 |
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內分泌學/代謝/骨骼(Endocrinology/Metabolism/Bone) |
GSE269493 |
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免疫調節劑(Immunomodulators) |
GSE220665; GSE142748 |
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神經學(Neurology) |
GSE212147; GSE214625; GSE150562; GSE154920; GSE63343; GSE63361 |
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腎臟病(Renal Disease) |
GSE266436; GSE108864; GSE179947; GSE184531; GSE196588; GSE196589; GSE198340; GSE207957; GSE86507; GSE131277; GSE220775; GSE241503; GSE232556; GSE10634 |
刪除或重新整理的資料集或比對結果
此版本無資料集被移除。
作為標準審查流程的一部分，對已收錄於MouseDisease的專案中的比對結果與詮釋資料 (metadata)進行重新檢視。本次更新中有重新檢視其內容的資料，可以透過篩選 OSModifiedDate欄位為“2025R1”的方式取得。
RatDisease資料庫
Figure 3. RatDisease資料庫中的新增樣本，依照疾病類別分組並根據組織類別標色。
此版本新增了來自8個資料集中的1344個樣本以及5個比對結果，包括以下方面的研究：
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疾病 |
資料集 |
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伏隔核核心區(Nucleus Accumbens Core) |
GSE173136 |
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下視前額皮質(Infralimbic Cortex) |
GSE173137 |
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外側韁核(Lateral Habenular Nucleus) |
GSE173138 |
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前邊緣皮質(Prelimbic Cortex) |
GSE173139 |
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眶額皮質(Orbitofrontal Cortex) |
GSE173140 |
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脂肪組織(Adipose Tissue) |
GSE196572 |
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肝(Liver) |
GSE200453 |
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眼睛(Eye) |
GSE201236 |
刪除或重新整理的資料集或比對結果
此版本無資料集被移除。
作為標準審查流程的一部分，對已收錄於RatDisease的專案中的比對結果與詮釋資料 (metadata)進行重新檢視。本次更新中有重新檢視其內容的資料，可以透過篩選 OSModifiedDate欄位為“2025R1”的方式取得。
OncoLand
美國國家癌症研究所患者來源模型資料庫(NCI Patient-Derived Model Repository, PDMR)
Figure 4. PDMR中患者來源異種移植(patient-derived xenograft)資料的樣本，依照疾病類別分組並根據模型類型標色。
新的Land資料庫PDMR_B38_GC33包含來自PDMR的異種移植及相關樣本(如類器官及2D細胞培養)的體學資料。此資料庫包含了透過RNA-seq和DNA-seq分析的體細胞突變資料，以及患者與異種移植數據。此外還生成了數百項的統計比較，包括不同腫瘤類型、異種移植傳代(xenograft passage)、樣本類型和性別之間的比較。
OncoHuman資料庫
Figure 5. -OncoHuman資料庫中的新增樣本，依照疾病類別分組並按照組織類別標色。
此版本新增了來自62個資料集中的1818個樣本以及308個比對結果，包括以下方面的研究：
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疾病 |
資料集 |
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骨骼(Bone) |
GSE237033 |
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骨髓(Bone Marrow) |
GSE191007 |
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腦(Brain) |
GSE163071; GSE184941 |
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胸部(Breast) |
GSE203055; GSE207514; GSE212587 |
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支氣管上皮(Bronchial Epithelium) |
GSE44447 |
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結腸(Colon) |
GSE181337 |
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真皮(Dermis) |
GSE37738 |
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食道(Esophagus) |
GSE111044 |
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消化道(Gastrointestinal Tract) |
GSE183924 |
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造血與淋巴組織(Hematopoietic and Lymphoid Tissue) |
GSE191007 |
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腎臟(Kidney) |
GSE234732; GSE254566 |
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肝(Liver) |
GSE183406; GSE229400 |
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肺(Lung) |
ERP135299; GSE108055; GSE110853; GSE128822; GSE15240; GSE165611; GSE217646; GSE248378; GSE273436; GSE28827; GSE29016; GSE40564; GSE44447; GSE50451; GSE62021 |
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子宮肌膜(Myometrium) |
GSE199849; GSE207209 |
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神經(Nerve) |
GSE173577; GSE207400; GSE270880; GSE32029; GSE60082 |
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卵巢(Ovary) |
GSE146776 |
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胰臟(Pancreas) |
GSE181961; GSE220614 |
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外周血(Peripheral Blood) |
GSE160154; GSE18444; GSE18445; GSE191007; GSE210264; GSE211627; GSE216734; GSE221563; GSE228571; GSE256035 |
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周邊神經系統(Peripheral Nervous System) |
GSE213988; GSE263107; GSE60082 |
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攝護腺(Prostate) |
GSE180373; GSE214583 |
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直腸(Rectum) |
GSE233517 |
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皮膚(Skin) |
GSE106571; GSE111582; GSE144601; GSE180890; GSE180891; GSE203647; GSE37738; GSE50451; soft tissue; GSE213065 |
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軟組織(Soft Tissue) |
GSE213065 |
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子宮內膜(Uterine Endometrium) |
GSE199849 |
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子宮(Uterus) |
GSE199849; GSE207209 |
Single Cell Land
此版本的Single Cell Lands包括對HumanUMI和MouseUMI Lands的更新，新增來自12個專案的440萬個新細胞，其中包括72種新驗證的細胞類型。
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疾病 |
專案 |
實驗重點 |
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系統性紅斑性狼瘡(Systemic Lupus Erythematosus, SLE) |
GSE156989_UMI |
針對人體離體實驗研究的多模態分析(multimodal analysis)顯示血液處理延遲會引發廣泛的分子變化 |
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帕金森氏症(Parkinson's Disease, PD); 帕金森氏症失智症(Parkinson's Disease Dementia, PDD) |
GSE184950_UMI |
帕金森氏症中人體黑質(substantia nigra)的單細胞轉錄體學 |
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肺腺癌(Lung Adenocarcinoma , LUAD) |
GSE185204_UMI |
系統性的譜系追蹤揭示腫瘤特異性T細胞在免疫檢查點抑制期間的克隆性前驅細胞(clonal progenitors)及其長期持續性[scRNA-seq] |
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黑色素瘤(Melanoma) |
GSE200218_UMI |
黑色素瘤腦轉移圖譜[single-cell/nuclei RNA-sequencing (sc/snRNA-seq)] |
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間質性肺病(Interstitial Lung Disease , ILD) |
GSE227136_UMI |
人體肺部中細胞類型特異性與疾病相關的表達量性狀基因座(eQTL) |
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子宮疾病(Uterine Disease) |
GSE236660_UMI |
單細胞解析度下老化對人類子宮肌層的影響 |
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老年黃斑部病變(Age Related Macular Degeneration) |
SCP2012_UMI |
系統生物學方法揭示與老年黃斑部病變相關的新疾病機制 |
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思覺失調症(Schizophrenia) |
ZENODO6921620_UMI |
思覺失調症中由上層皮質區驅動的網路功能障礙- 10x genomics v3 snRNA-seq |
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正常對照(Normal Control) |
scBloodNL_UMI |
單細胞RNA定序揭示免疫細胞中廣泛的個體化與情境特異性的基因表達調控機制 |
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正常對照(Normal Control) |
GSE108788_UMI |
脊髓和脊髓上區V2a中間神經元亞型的階層式分布構成前肢和後肢運動控制的基礎[scRNA-seq] |
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正常對照(Normal Control) |
GSE176063_UMI |
利用小鼠發育單細胞圖譜系統性識別細胞命運調控程序 |
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正常對照(Normal Control) |
SRP266379_UMI |
小鼠大腦發育的單細胞定序 |
ATCC Cell Line Land
ATCC Human資料庫
此版本新增了238個新樣本，使樣本總數達到2239個，由456個獨特細胞株所組成。
Figure 6. ATCC_Human_B38_GC33資料庫中的樣本在不同組織類別的分佈。
ATCC Mouse資料庫
ATCC_Mouse_B38 Land 新增25個樣本，使總樣本數達到260個，由60個獨特細胞株組成。
Figure 7. ATCC_Mouse_B38資料庫中的樣本在不同組織類別的分佈。
重點內容
您可以利用來自ATCC的初代細胞來驗證或識別永生細胞株的細胞類型。首先，對比永生細胞株與初級細胞之間的基因表達特徵，然後應用階層式分群法(hierarchical clustering)來快速識別可用於臨床前實驗的永生細胞株。
Figure 8. 肺部血管平滑肌相關基因特徵在所有呼吸組織樣本中的表現概況。
表現量上升的基因被標為紅色，而下降則被標為藍色。下方顏色條表示來自平滑肌細胞(紅色)、上皮細胞(深藍色)或細胞株(綠松石色)的初級細胞。
資料處理或驗證流程更新
資料驗證流程更新內容
OncoSampleType中新增一個術語：Human Other Normal Original Cells，專用於描述來自癌症以外疾病患者之病變（異常）或病理狀態不明的組織所培養出的非商業用細胞株與類器官。此外，新增了一個欄位”Endemic Area”，用於標示受試者是否來自某特定疾病的流行區域。GenticModification數值的格式已統一。